职业健康安全管理体系认证的实施程序包括认证申请及受理、审核策划及审核准备、审核的实施、纠正措施的跟踪与验证以及审批发证及认证后的监督和复评。
        (一)职业健康安全管理体系认证的申请及受理
        1．职业健康安全管理体系认证的申请
        符合体系认证基本条件的用人单位如果需要通过认证，则应以书面形式向认证机构提出申请，并向认证机构递交以下材料：
        (1)申请认证的范围。
        (2)申请方同意遵守认证要求，提供审核所必要的信息。
        (3)申请方一般简况。
        (4)申请方安全情况简介，包括近两年中的事故发生情况。
        (5)申请方职业健康安全管理体系的运行情况。
        (6)申请方对拟认证体系所适用标准或其他引用文件的说明。
        (7)申请方职业健康安全管理体系文件。
        2．职业健康安全管理体系认证的受理
        认证机构在接到申请认证单位的有效文件后，对其申请进行受理，申请受理的一般条件是：
        (1)申请方具有法人资格，持有有关登记注册证明，具备二级或委托方法人资格也可。
        (2)申请方应按职业健康安全管理体系标准建立了文件化的职业健康安全管理体系。
        (3)申请方的职业健康安全管理体系已按文件的要求有效运行，并至少已做过一次完整的内审及管理评审。
        (4)申请方的职业健康安全管理体系有效运行，一般应将全部要素运行一遍，并至少有3个月的运行纪录。
        3．职业健康安全管理体系认证的合同评审
        在申请方具备以上条件后，认证机构应就申请方提出的条件和要求进行评审，确保：
        (1)认证机构的各项要求规定明确，形成文件并得到理解。
        (2)认证机构与申请方之间在理解上的差异得到充分的理解。
        (3)针对申请方申请的认证范围、运作场所及某些要求(如申请方使用的语言、申请方认证范围内所涉及的专业等)，对本机构的认可业务是否包含申请方的专业领域进行自我评审，若认证机构有能力实施对申请方的认证，双方则可签订认证合同。
         (二)审核的策划及审核准备
        职业健康安全管理体系审核的策划和准备是现场审核前必不可少的重要环节，它主要包括确定审核范围、指定审核组长并组成审核组、制定审核计划以及准备审核工作文件等工作内容。
        1．确定审核范围
        审核范围是指受审核的职业健康安全管理体系所覆盖的活动、产品和服务的范围。确定审核范围实质上就是明确受审核方作出持续改进及遵守相关法律法规和其他要求的承诺、保证其职业健康安全管理体系实施和正常运行的责任范围。因此，准确地界定和描述审核范围，对认证机构、审核员、受审核方、委托方以及相关方都是极其重要的问题。在职业健康安全管理体系认证的过程中，从申请的提出和受理、合同评审、确定审核组的成员和规模、制定审核计划、实施认证到认证证书的表达无不涉及审核范围。
        2．组成审核组
        组建审核组是审核策划与准备中的重要工作，也是确保职业健康安全管理体系审核工作质量的关键。认证机构在对申请方的职业健康安全管理体系进行现场审核前，应根据申请方的各种因素，指派审核组长和成员，确定审核组的规模。
        3．制定审核计划
        审核计划是指现场审核人员和日程安排以及审核路线的确定(一般应至少提前1周由审核组长通知被审核方，以便其有充分的时间准备和提出异议)。审核计划应经受审核方确认，包括在首次会议上的确认，如受审核方有特殊情况时，审核组可适当加以调整。
        职业健康安全管理体系审核一般分为两个阶段，即第一阶段审核和第二阶段现场审核，由于这两个阶段审核工作的侧重点不同，因此，需要分别制定审核计划。
        4．编制审核工作文件
        职业健康安全管理体系审核是依据审核准则对用人单位的职业健康安全管理体系进行判定和验证的过程，它强调审核的文件化和系统化，即审核过程要以文件的形式加以记录，因此，审核过程中需要用到大量的审核工作文件，实施审核前应认真进行编制，以此作为现场审核时的指南。
        现场审核中需用到的审核工作文件主要包括：审核计划、审核检查表、首末次会议签到表、审核记录、不符合报告、审核报告。